在S9星球发生巨变的时候，S星系内其他行星上的峨丝人民也起来反抗帝国。
达马尔政权还要做困兽犹斗，达马尔派帝国军上将里德弗米尔率领1万名帝国士兵和100万名机器人兵组成的大军前往S9星进行镇压。
雷蒙领导的S9军队奋力抵抗，但终究不敌帝国军的强大火力，大批总督军士兵阵亡疆场，大批总督军士兵被俘虏，雷蒙率领着残存的总督军撤退到S9星地下堡垒。
S9星球的作战虽然遭到了挫折，但雷蒙领导的总督军将帝国残余军队中战斗力最强的里德弗米尔军团牵制在了S9星球，这让新共和军得以在S星系外围大量歼灭帝国军，并实现了对S星系的战略包围。
攻占S9星的帝国军将军里德弗米尔接受到帝国指令，要求对俘虏的S9星总督军士兵全部就地处决，这一指令让帝国军中的峨丝人士兵不忍与不满。
在雷蒙的劝说与策反下，里德弗米尔以及众多帝国军峨丝人士兵宣布起义，他们选择了站在人民这边，选择了站在正义这一边。
里德弗米尔军团的倒戈，给了帝国重重的一击。
不久，新共和军倾全军之力的超级舰队攻入了S星系，一百艘猎星级战略飞船、一千艘猎洲级战斗飞船、一万艘猎岛级战斗飞船铺天盖地对S星系内的帝国军进行围剿。
新共和军摧枯拉朽般击溃了残余的帝国军，当新共和军猎星级战略飞船飞临S3星上空的时候，帝国元首达马尔见大势已去，最终选择了投降，达马尔宣布退位，并通告星河内的所有帝国军就近向新共和军投降。
当共同的敌人消失的时候，原本理念就不同的派别之间的分歧就会慢慢浮现。
当初在乌托邦星球上的新共和临时政府在组建过程中并没有太大的分歧，当时几乎是由乌托邦主义者们一力主导的。
但是如今在S3星球共和国政府组建的过程中，面对居于强势地位的乌托邦派，其他许多派系都发出了自己的声音，其中实力最强的两个派系分别是唯国派和自由派。
唯国派与乌托邦派在很多方面有重大分歧，包括执政者是否必须是无私产者、是否限制超级私人企业的发展、是否将所有行星的体制统一为共和制等等等等。
当然，唯国派与乌托邦派在某些方面还是有共识的，比如双方都同意建立强有力的共和中枢政府，双方都同意由共和中枢政府指挥和建设强大军力。
相比之下，自由派推崇邦联制，自由派认为应该尊重原来的各个行星上的政权的独立性，自由派反对设立中央政府，取而代之的是不具强制力的议会。
除了以上的三大派别，还有众多的中小派别各自有不同的声音。
经过了旷日持久的争论，最终，在各方的妥协下，共和国中枢政府主要机构初步建构包括人民委员会、行星议会、共和军、共和警、联合调查部等。
人民委员会负责行政、立法等政治工作，该委员会的最高委员，同时兼任共和国元首。人民委员会设有内务委员组、经济委员组、科教委员组、医疗委员组等等分支机构。共和国元首由各派别协商产生，由于各派别之间的协商缺乏一个稳定的、常设的机制，因此埋下了隐患。目前最高元首由炕巴将军担任，这也是目前各派别唯一都能接受的人。
共和国行星议会。行星议会顾名思义，由组成共和国的各行星的代表组成的常设议事机构，行星议会的权力是有局限的，最主要任务是处理星际间的关系。当时组成共和国的行星分成多种政权体制，有直接受中央政府掌握的垂直共和体制；有半独立共和体制，防务由共和国负责，司法与税收独立；有完全独立的政权，所有事物均独立负责。垂直共和体制的行星的官员由共和国人民委员会直接任命，而半独立共和体制行星的官员则由行星自己提出人选并经行星议会确认（一般情况下独立共和体制星球自己提出的人选，行星议会是不否决的），而对于完全独立的星球，该星球完全自主。
共和国军。共和国主要的军事力量，负责保卫共和国安全，共和国军的名义统帅是共和国元首，但共和军的实际掌控者其实是乌托邦总会，共和军设总指挥部负责指挥共和军的军事行动，总指挥部的将领均由乌托邦总会指派。共和军总指挥部设有联合指挥中心、军研局、装备局等。共和军在不同天体系统驻扎有卫戍军、远征军、特遣军等。
共和国警。负责垂直星球、半独立星球以及星际间的公共安全，同时是共和国的辅助军事力量。共和国警的最高长官是位于S3星警总部的总长，警总长由共和国元首任命，垂直管理星球和半独立星球的地方警署长均有警总长任命，完全独立星球的地区警则由当地自行任命。共和国警总部有一定数量的准军事化警力。警总部还设有近卫署负责共和国元首、行星议会的安全。此外，警总部的情侦处是小型的情报系统。
共和国联合调查部。联调部是共和国的主要情报机构，负责共和国的军事安全监控，同时负责监控缪卡星河的黑暗势力与不道德势力。联调部由乌托邦总会直接领导，只对乌托邦总会负责。联调部的总部设在乌托邦星球（乌托邦总会在乌托邦星球），联调部除了特工以外，还有自己的军事力量、自己的军工厂。联调部在S3星球设有办事处。
新共和五年，共和国中枢政府在S3星球正式成立。
是夜，整个S3星球的天空闪烁美丽的烟火，所有的峨丝人都沉浸在欢乐之中，这注定是一个不眠之夜。
李潜、挪力亚、维托、舒雅还有好多年轻男女们在酒吧里欢庆。
李潜拉着舒雅的手走出了酒吧，李潜注意到舒雅整个晚上都是闷闷不乐的。
良久，李潜问道：“你有什么心事吗？”
舒雅有些忧伤的说道：“有一件事，我一直想告诉你，但是又不知道如何开口”
李潜心中一紧，说道：“没关系，你说吧，无论是什么样的难事，我们终究是要面对的”
舒雅说道：“你知道吗？我自小就有一个梦想，要到遥远的空间探险。前些天，军研局打算组建一支探险队前往星河深空探险，未来甚至会走的更远，去更远的未知的空间。我被选中参加这次秘密任务，但是我很犹豫不知道该怎么办。”
李潜明白，如果舒雅参加这次任务，那么也许要几年的时间才能回来，李潜虽然不希望与舒雅分别，但是李潜知道舒雅对这次任务的期待。
爱一个人，到底是要与她长相厮守？还是放开她，让她做自己喜欢的事情呢？
良久，李潜将舒雅揽入怀中，说道：“无论多远，无论多久，我都等你，亲爱的，你去吧，我会等着你回来”……
当S3星球的峨丝人沉浸在光复的欢乐中的时候，李潜送别了情人舒雅，望着远去的飞船，李潜感到自己的眼睛有些湿润。舒雅参加的这次秘密任务所去的地方非常遥远，以至于可能几年的时光里都会杳无音信。
李潜看了看自己手中的黑线通信仪，不知道什么时候，拿起听筒的时候，会传来舒雅的声音。