长时间的战争，打裂了奥西利亚大陆，维多利亚大陆(古金银岛)和天空之城从其中分裂开来。剩下一部分大陆在海底圣石的稳定下形成了神秘岛。
女神阿莉娅担忧战争会带来更大的伤害，与军团长斯乌，奥尔卡进行和平会谈。
会谈破裂，军团长对会场进了破坏，军团长斯乌违背了与其他军团长的约定，单独对阿莉娅下了死手，女皇阿莉亚遇害。
临死之前，她将那块传承石交给了幻影，说出了当初她出于对幻影的好奇，用这块假传承石吸引他来圣地的原因。
没有了女皇的血脉力量，圣兽的力量无法激发，圣地被攻陷，反抗军退到了时间静止之湖。
以复仇为目的，幻影加入了对黑魔法师的讨伐。(经典舔狗)
艾菲莉亚带着黑魔法师的任务离开的军团。
生命女神阿丽莎由于耗费了太多力量(杂七杂八的用了)，世界树开始枯萎，她将最后的精神与生命根源交给了希望之星“赫丽娜”。
为了还原被破坏的地区，以及封印黑魔法师，龙神王吉吉根据众生的愿力与希望制作了12块封印石。
7块放到了被毁坏的地区——圣地，武陵，维多利亚大陆(古金银岛)，天空之城，玩具城，尼哈沙漠，冰封雪域。
黑魔法师在25仔阿卡伊勒的带领下，来到了时间神殿，随后以阿卡伊勒的封印时间女神伦娜梦境里预见未来的能力，军团长水二红则束缚了伦娜精神体的行动力，抽取了伦娜的力量。伦娜被黑魔法师放逐。时间神殿沦陷，成为了黑魔法师军团的基地。
两股超越者力量的排斥下，枫叶世界，通向格兰迪斯世界的时空门也开启了。
在时间波动的影响下，处于交战中”克里斯蒂亚”神秘消失。
得到了时间力量的黑魔法师，预见了下一个时间超越者出现的未来。他用伦娜的力量创造了镜世界。
关押了下一代时间超越者，与伦娜的肉体。交给了军团长威尔全权负责。威尔为了更有把握(他也怕啊)，将伦娜的留下力量一分为二，暂缓时间超越者的苏醒。
在完成了封印或耗尽两位超越者后，为了完成所有超越者消失的目的，老黑开始为自己被封印做准备。
军团长斯乌与奥尔卡为了保证老黑能复苏，接到了毁掉所有关于这次事件的记录的任务。
第一个目的地就是神木村。神木村的西部就是恶魔猎手水二红的家乡。
心机的阿卡伊勒在老黑的授意下毁灭了整个神木村，留下了水二红唯一的弟弟，之后以亲人被害的理由挑拨水二红，水二红果然愤怒的反叛。
战神在与军团长作战后受了重伤昏迷。
水二红将黑魔法师的基地就在时间神殿的事写信交给了他最信任的随从“阿斯玛特”，让她交给反抗军。
希望之星赫丽娜拿着双弩交给她的银懈之剑，带着残存的神木村居民乘坐诺亚前往未被开发的维多利亚大陆(古金银岛)。准备为战后社会做准备。
时间神殿太高了，5大英雄决定偷袭老黑。
苏醒的战神在帮助居民以后，跟上了5大英雄的步伐。
在时间神殿，幻影碰到了落单的斯乌，在经过一番战斗后，险胜斯乌，并杀死了他的肉身。
水二红找到了阿卡伊勒，表明要见黑魔法师，在获得黑魔法师的默许后，进入时间神殿与其战斗，最终败北。
守在外面的阿卡伊勒不敌六大英雄，仓促撤退。
麦格拉斯与精灵王古瓦洛按原计划回援，趁古瓦洛注意力集中在英雄身上的时候，麦格拉斯偷袭了精灵王，杀死了他并夺走了他的生命之核。拿到生命之核的三姓家奴，通过时空门回到了格兰蒂斯。
六位英雄进入了神殿，爆发了最后的决战，在封印与消耗了伦娜，阿丽莎中消耗了过多力量，又与水二红决斗一场。在他有意之下，六位英雄耗费巨大代价，以王吉吉所设的封印阵，5颗封印石为阵基，影月的身体为阵体，消除影月身上所有时间印记为代价，封印了黑魔法师，夜光法师因为收到了反噬，体内有了另一种力量。
龙王王吉吉以最后的力量设置了时间特异点，防止时间神官阿卡伊勒，通过时间回流来到封印前解封黑魔法师。
六大英雄也因为受到了黑魔法师的诅咒，各自即将陷入冰封。只有龙王替王吉吉挡掉所有诅咒的龙神幸存下来。
重伤的水二红将自己封印在了蛋中，等待复苏。
双弩回到了埃欧蕾，只是她是精灵女王，诅咒是整个埃欧蕾，她迫于无奈将整个埃欧蕾冰封起来。只有手持银懈之剑的赫丽娜躲过了诅咒。
在阿卡伊勒的蛊惑下，黛米安成为新一任军团长。
各军团长按原计划开始行动起来。威尔继续控制神之子。斯乌与奥尔卡躲藏起来，阿卡伊勒躲进了时间裂缝。狮子王将整个狮子王成用结界笼罩，不再现世。希拉带着阿斯旺与整个城市灵魂陷入了地下。
失陷的地方也被夺了回来。
上古之战，表面上以黑魔法师这一方战败结束。
失去了超越者的枫叶世界，与格兰迪斯的时空门消失了。
世界又进入了相对和平的发展时期。
巨兽扎昆被击杀。
欧罗拉幸存者飞鱼丸修炼成光影形式的存在，等待夜光的复苏。
圣兽带领骑士团回到了圣地。
时间神殿回到了时间神殿管理员手中。为了防止再次受到黑魔法师残党的袭击，时间神殿消失在空中。
封印石被圣地以及各地的人保管。
新的时间超越者在镜世界里复生，只是他被威尔分成两半，没有了记忆。威尔将其中一半封印，建立影子骑士团，让另一半加入。
由于圣地女皇的陨落，此后500年，圣地一直群龙无首，圣地缺少圣兽血脉的力量，一直在往下降落。
魔族家乡绯红大陆，由于连接它与神秘岛的路—克里斯蒂亚消失，也消失在了时空中。
身死的军团长古瓦洛，身为元素精灵王，世界上只要有元素他就不会死，很快复活了，没有堕落的新古瓦洛隐居起来。
被黑魔法师残党袭击的方舟迫降到了维多利亚南部森林，在这里他们搭建了阿尔泰营地，准备开发新大陆。
在这里结识了一个叫卡奥的人。
卡奥在探索中碰到了时间裂缝。(正文有剧情)
在时间神殿管理者的努力下，世界各地的时间裂缝被修复了，但世界各地还是会时不时出现时间裂缝。
世界上最大的图书馆在玩具城旁边建立。
肉体死亡的斯乌意外获得了附身别人的能力。他们开始实施老黑交给他们的任务—消除所有那一战的痕迹。
以黑魔法师遗留的技术，玛加提亚在黑魔法师实验室遗址上建立。
失去精灵王控制的石精灵们汇聚到了一起，在神木村西部定居下来。
又是200年过去。
金银岛慢慢形成。
射手村，废弃都市，魔法密林开始建立起来。
以斯乌奥尔卡为首的人，为了任务，发动了全面战争，他们清楚了大量的历史记录。
赫丽娜带领大陆各地军队开始接战，最终取得胜利，这场战争，被称作”枫叶之战”。
战后，军团长奥尔卡以复活斯乌的肉体与黑魔法师为目的，带着追随者成立黑色之翼。他们继续消除了大量的关于那一战的资料。
玛加提亚第三代会长阿尔卡斯特发明浮空石，现代飞船技术有了希望。
一群人发现了一部关于冒险岛的书，里面记录了英雄被封印的事情，他们根据指示，找到了战神。并自愿定居下来，他们自称里恩族。
埃德尔斯坦一座高科技齿轮小镇建立，这里有丰富的矿石。
两百多年过去了。
经过各种变故，格兰蒂斯与枫叶世界的空间每隔500年就会链接在一起，出现持续20年的时空门。
人们早已忘记了上古之战的经过，只知道有5个英雄战胜了黑魔法师。
光之骑士团长妻子被杀害，心灰意冷之下失踪了。
科学家格里梅尔因为人体实验，被科学界除名。
里恩族没落了，只剩下一对兄妹，南哈特与莉琳。寻求改变的南哈特出去寻找圣地血脉。
一名叫希纳斯的少女被他发现了，他将她带到了圣地。圣兽感受到了她的血脉，经过一番训练与指导后，希纳斯当上了新任女皇，只是她还不能完全接受圣兽的力量。
看中了埃德尔斯坦的黑色之翼占领了这里。
在幼儿园园长的提议下，反抗者组织成立了。
格里梅尔加入了黑色之翼。